Siileilläkin voi esiintyä sisäloisia eli ”matoja”, kuten sukkulamatoja, salmonellaa, heisi- eli lapamatoja, kokkidioita (Isopora erinacei ja Eimeria nastegaiv, yksisoluisia loisia, jotka voivat aiheuttaa punatautia), keuhkomatoja (Capillaria tai Crenosoma spp, jotka aiheuttavat monesti kuolemaan johtavaa keuhkokuumetta), giardia-alkueläimiä tai kryptosporideja (esim. Cryptosporidium parvum, yksisoluinen alkueläin, joka voi aiheuttaa ihmiselle kryptosporidioosi-taudin).
Siili voi saada niitä esimerkiksi ulkoa pyydystettyjen hyönteisten, etanoiden, raa’an lihan tai kalan mukana. Ne pesiytyvät useimmiten siilin keuhkoihin tai suolistoon, minkä huomaa helpoiten siitä, että siili laihtuu selittämättömästi ja on lopulta hyvin laiha, vaikka söisikin normaaleja annoksia hyvällä ruokahalulla.
Sisäloiset voidaan usein todeta ulostenäytteistä, joissa löydöksenä on loisen munia. Usein kannattaa samalla kertaa tutkia mahdollisimman monta ulostenäytettä, sillä munia ei välttämättä löydy jokaisesta ulosteesta. Hoitona toimii matokuuri ja siilin eristäminen muista eläimistä. Tarpeen vaatiessa eläinlääkäriä kannattaa konsultoida ja ulostenäytteet voi lähettää tutkittavaksi Eviraan.
